初めての期末で、税金関係の手続きが分かりません

結論から申し上げますと、freeeで申告を完了しているなら、一部の書類は手続き上不要になりますが、保管義務のあるものもあるので注意が必要です。

① 法人税の納付書
→ freeeで電子申告し、電子納税した場合は不要。
→ 紙の納付書で納税する場合は、銀行・税務署で使用後に控えを保管。

② 消費税及び地方消費税の納付書
→ 法人税と同じく、電子納税なら不要、紙納付なら控えを保管。

③ 「法人市民税関係書類在中」の封筒（立川市）
→ 中身を確認し、電子申告が完了していれば不要なものもあるが、申告書の控えなどは保管。

④ 基準法人所得割額及び基準法人収入割額に関する計算書
→ 法人住民税の計算資料なので、申告内容と一致しているか確認の上、念のため保管。

まとめますと、電子申告・電子納税なら納付書は不要ですが、住民税関連書類は確認・保管推奨です。