土地と建物の持分割合が異なる場合

　土地と建物のそれぞれの譲渡価格をいくらずつにするか。
　税法には、明確な基準がないので、合理的に分ければ良いということになります。
　土地の時価は、地価公示価格、相続税の路線価（時価の8割相当）、固定資産税評価額(時価の7割相当）などが参考にして、残りを建物の価額とする方法。
　また、近隣の売買実例の価格を参考とする方法。
　土地と建物の固定資産税評価額の比率で計算する方法。
　不動産鑑定士に鑑定してもらう。
　などの方法があると思います。

　最後に、計算した結果に不合理、矛盾点がないか確認する必要があります。