メルカリの申告について

こんにちは。
メルカリであれば、売上が生じると同時に入金されるわけではありませんので、「メルカリ残高」等の勘定科目を作成して帳簿管理しているかと思います。

メルカリ残高×××　　　　　　　売上×××
支払手数料×××

さらに、普通預金への出金時にも手数料が発生する場合、

普通預金×××　　　　　　　メルカリ残高×××
支払手数料×××

のように仕訳をされていると思います。

質問者様がご指摘の部分については詳細がわかりませんが、以上のような仕訳により管理されているのであれば問題はありません。
取引の支払手段のお話をされているので、売上の場合、支払うのは手数料のみかと思います。
その手数料の支払手段についてご質問されているのであれば、「売掛金との相殺」のような選択肢があればそれを選ぶのがよいかと思います。
もしないようであれば、結局のところ、普通預金（あるいはメルカリ残高）等から支払われているのと同じことですので、そのように処理されるのが良いでしょう。