医院開業を住宅ローンで行えるかどうか御見解を頂ければ幸いです。

住宅ローンが使えるかは、銀行にご確認ください。
使える場合は、ご自宅分の住宅ローン控除と店舗の減価償却は可能と思います。

店舗併用住宅では、住宅ローンが住宅部分にしか使えません。
さらに、店舗部分と住宅部分の比率にも制限があり、例えば、「フラット35」は床面積の2分の1以上が住宅部分になっていなければ利用することができません。
店舗部分の融資に関しては、事業用ローンを利用する必要がありますが、申し込むためには事業計画書の作成・提出が必要です。
万が一、事業用ローンの利用を却下された場合は、手持ちの現金を手出ししなければなりません。

なお、店舗併用住宅や事務所併用住宅の場合も下記の要件を満たせば、住宅ローン控除の対象になります。

併用住宅の場合は、以下の二つの要件の両方を満たす必要があります。

　　①　建物全体の床面積が50m²以上であること
　　②　住宅部分の床面積が全体の１／２以上を占めていること

このため、例えば全体の床面積が200m²で住宅部分が80m2（非住居部分が120m²）の場合は対象になりません。

御返信頂き、誠にありがとうございます。
店舗は事業用になるのですね。住宅ローン減税の適用と勘違いしておりました。
ありがとうございました。