この場合は医療費控除できる？

こんにちは。
医療費控除は医療費に対する部分についてのみ適用がありますので、美容目的など等の自由診療は医療費控除の対象外となるものと思われます。

例えば自由診療でも歯列矯正の場合などは医療費控除があるかと思います
そういった医療費控除の対象となる施術と、審美目的の医療費控除対象外の施術を同部位に同時に受けた場合は
医療費控除対象の部分だけ医療費控除ができるということですか？

おっしゃる通りの理解です。
あくまで医療費控除の対象となるのは主目的が医療であって、健康の維持に資するものである必要があります。
医療費控除の対象となるものとそうでないものを同時に受けた場合には、美容目的部分の費用を除いて医療費控除の適用をしてください。