医療費控除の消費税について

医療費は消費税が課せられていません。（非課税）
個人事業主さんで申告する場合、事業の経費ではなく、所得控除の対象として、別途記載する欄があります。
なお、医療費控除は１年間で１０万円以上（所得が少ない場合は所得の5％以上）支払った場合に控除対象となります。

ご説明が足りておらず申し訳ございません。
自由診療で、消費税がかかる医療費がございますが、こちらは税込み、税抜きのどちらで所得控除を行えばよろしいでしょうか。
なお、当医療費は医療費控除の対象となる旨、該当病院へ確認済みです。