会社員が年末調整後、副業による確定申告時の還付金の差引について

回答します

　年末調整は、本来確定申告に代わる手続きとなっています。また、年末調整は選択制ではなく、対象となる所得者に関して、給与の支払者にとっては、しなければならない事務となっています。
　更に、年末調整は「主たる給与」の給与所得のみが対象となっています。

　ただし、還付してからの納付という手続きがご面倒であれば、「住宅ローン控除」を年末調整時に行わず確定申告時に行うことができます。
　その際には、当初申告時に添付した契約書などは必要なく、税務署から送付された「住宅ローン控除申告書・証明書」と銀行から送付された「残高計算書」で計算することができます。

　
　「年末調整を行い、申告もする必要が生じるのか」簡単に説明をいたします。
　本来所得税法は、各人に帰属する全ての所得を総合し課税する、「総合課税」の建前を取っています。
　また、納税については、所得者自身が所得とそれに対する税額を計算して、確定申告をし納税する「申告納税制度」を採用しております。
　
　また、給与所得者についても、総合課税や申告納税の建前に従って所得税の課税が行われることになりますが、給与所得者は一般的的に給与や賃金の収入以外に所得のない場合が多いので、各人の確定申告を待つまでもなく、給与の支払者の下で比較的容易に総合課税の要請に応じることができます。
　そこで、給与所得に対する所得税については、いわゆる源泉徴収制度を採用し、給与の支払者が給与を支払う際に、支払額に応じた所得税をそのきゅよから差し引いてこれを国に納付するともに、年末に年末調整を行い、その年中の給与の総額に対する年税額と給与の支給の都度差し引いた納付した源泉所得税の過不足の精算をすることにより、給与所得者が申告の納税する手数を省くことにしています。

　そのため、給与所得者も「総合課税」「申告納税制度」の建前がありますので、他の所得があるときは、たとえ給与所得が年末調整を受けていたとしても、確定申告を行うことにより、総合課税の要請に応じることになります。
　なお、給与所得者を年末調整で「申告納税する手数を省く」ことにしているため、少額の他の所得があったことにより申告義務を負わすのは酷であると考え、「その他の所得20万円以下」の場合申告義務を要しない「申告不要制度」も重ねて定めています。

米村さま

早速のご回答ありがとうございます。
また、大変詳しく記載いただきありがとうございます。
内容確認させていただきます。

　長文で申し訳ございませんでした。
少しでもお役にたてましたら幸いです。