フリーランス売り上げ48万円以下　インボイス登録後の確定申告について

売上48万円以下であっても、インボイス（適格請求書発行事業者）登録をされた場合、確定申告が必要になる可能性が高いです。

理由としましては
1. 消費税の納税義務
インボイス登録をすると、消費税の課税事業者となり、原則として消費税の申告と納税の義務が生じます。
売上48万円以下の場合でも、消費税の申告は必要です。

2. 所得税の確定申告
所得税の確定申告は、所得金額が48万円以下であれば、原則として不要です。ただし、他の所得がある場合や、所得控除を受ける場合は、確定申告が必要になることがあります。
ご質問者様の場合、ご主人の扶養に入られているとのことですので、所得税の確定申告が不要となる可能性もあります。ただし、ご主人の扶養の条件（所得制限）を満たしているかどうか、改めてご確認ください。

3. 確定申告の通知
税務署から確定申告の通知が来たということは、税務署がご質問者様を確定申告が必要な者として認識していることを意味します。
通知が来た場合は、税務署に確認し、確定申告が必要かどうかを確認することをお勧めします。

インボイス登録後の確定申告の注意
消費税の計算方法
消費税の計算方法は、原則として「本則課税」と「簡易課税」の2種類があります。
本則課税は、売上にかかる消費税から仕入れにかかる消費税を差し引いて計算する方法です。
簡易課税は、売上にかかる消費税に一定の「みなし仕入率」をかけて計算する方法です。
どちらの計算方法を選択するかは、ご自身の事業の内容や売上規模によって有利な方を選択できます。
消費税の申告期限
消費税の申告期限は、原則として翌年の3月31日です。ただし、個人事業者の場合は、所得税の確定申告と同時に行うことができます。
消費税の納税方法
消費税の納税方法は、原則として現金で納付する方法と、口座振替で納付する方法があります。
口座振替で納付する場合は、事前に税務署に口座振替依頼書を提出する必要があります。

ご回答いただき、誠にありがとうございました。

つかぬことを伺いますが、例えば、売り上げがマイナスの場合でもどちらの申告も必要ですか？

利益がマイナスはあり得るものの
売上がマイナスは考えにくいですが、申告不要です。

申し訳ございません、書き間違えました。利益がマイナスです。
ありがとうございました。