兼業している場合の医療費控除について

　確定申告は、一人、一通しか提出することはできません。
　所得税法上の所得は10種類ありますが、基本的には白色申告となりますが、10の所得のうち、事業、不動産及び山林所得の3つの種類のみが青色申告が可能です。青色申告を行うためには、定められた期限までに税務署に事前に「青色申告承認申請書」を提出する必要があります。
　事業所得として青色申告の承認を受け、給与所得等他の種類の所得も一緒に申告をすることになります。
　もし医療控除を受ける場合は、その申告書で行います。

白色申告と青色申告を併用して2つの確定申告を行うことはできません。
確定申告は個人単位で1回のみ行い、その中で給与所得・事業所得・医療費控除などをすべて合算して申告します。

本件では、会社員としての給与所得（年収400万円）と、個人事業主としての事業所得（年収100万円）を合算し、青色申告として確定申告を行う形になります。青色申告を選択している以上、事業所得は青色で計算し、給与所得は源泉徴収票の内容をそのまま合算します。

医療費控除100万円についても、給与・事業いずれかに分けるものではなく、総所得金額から控除されます。そのため、「会社員として医療費控除を受ける」という概念はなく、青色申告の確定申告書の中で一体的に適用します。

なお、医療費控除は青色申告の可否に影響しません。
青色申告特別控除等も含め、全体として最も有利な形になりますので、ご安心ください。