余剰分を含む原価計算の方法について

【結論】
結論から申し上げますと、ご提示いただいた計算方法のままでは税務上不適切となる可能性が高いです。売上原価マイナスは通常考えられません。

【計算例】
印刷費総額：1,000円
総冊数：12冊（注文10冊 ＋ 余り2冊）
内訳（仮定）：
売れた分：5冊
在庫分　：3冊
贈与分　：2冊（友人へ）
廃棄分　：2冊（破損など）

【計算手順】
1. 1冊あたりの原価（単価）を出す
まず、すべての基本となる「1冊あたりの原価」を計算します。
注文数の10冊ではなく、手元に届いた総数の12冊で割ります。
1,000円 ÷ 12冊 ＝ 83.33...円
※計算しやすいよう、ここでは83円とします。

2. それぞれの金額を計算する
出した単価（83円）に、それぞれの冊数を掛けます。
まず、総冊数（12冊）をもとに1冊あたりの原価を算出します。
1,000円 ÷ 12冊 ＝ 約83円

この単価をもとに、内訳は以下のようになります。

① 売れた分（5冊）：415円
売上原価として、今年の経費になります。

② 在庫分（3冊）：249円
棚卸資産（資産）となります。今年は経費にならず、来年以降に繰り越します。

③ 贈与分（2冊）：166円
相手や目的によって処理が異なります（事業用なら経費、個人用なら経費外）。

④ 廃棄分（2冊）：166円
廃棄損として、今年の経費になります。

※合計996円となり、差額の4円の端数は経費に入れていただいても問題は出ないと思います。

【確定申告（決算書）への記入】

1. 売上原価（売れた分＋廃棄分）
売れた分の原価（415円）だけでなく、廃棄した分（166円）も、今年の経費として処理できます。
今年の経費計上額：415円 ＋ 166円 ＝ 581円

※廃棄分は「商品廃棄損」という経費科目にしても良いですし、実務上簡便にするなら、期末在庫に含めないことで自動的に売上原価（経費）に含まれる計算になります。

2. 期末棚卸高（在庫分）
売れ残っている3冊分は、資産として計上します。

期末棚卸高：249円
これは今年の経費にはならず、来年以降売れた（または廃棄した）時に経費になります。

3. 贈与分の取り扱い（重要）
友人へ渡した2冊（166円）は、その目的によって扱いが変わります。
A. 宣伝や付き合い（事業関連）の場合
科目：「広告宣伝費」または「交際費」
処理：全額経費になります。

B. 個人的なプレゼント（プライベート）の場合
科目：「事業主貸」
処理：経費になりません。（事業用のお金を個人利用したとみなされます）

ご回答ありがとうございます。
実は本件について既に別の税理士の先生から回答をいただいており、その内容を元に住民税の申告を完了しております。
先生のお考えと前の先生のご見解はほぼ同じなのですが、廃棄分の取り扱いのみ異なっております。
今回の廃棄分は破損などではなく自己都合による処分になります。前の先生から自己都合による廃棄は経費にならないとのご説明を受け、その前提で申告をしました。
廃棄分を経費に含めなかった今回の処理は税務上保守的な対応と考えて差し支えないでしょうか。申告している雑所得は1000円程度、ここから廃棄分を経費として引く場合赤字になります。修正等が必要になるのでしょうか。ご意見をいただけますと幸いです。

自己都合とのこと、詳細の原因が分からないので何とも言えませんが、自己都合で処分ということだけ聞いて判断するのであれば、プライベートで購入して廃棄したという扱いになると思います。
よって、依頼された先生の判断に特段間違いないと思いますし、言ってみれば保守的な処理であるといえると思います。

ご返信ありがとうございます。
自己都合で廃棄というのは「破損等の理由は特になく、これ以上は売れないと自分自身で判断し処分した」という意味になります。

今回の今村先生のご説明からも税務上は保守的な処理との判断と理解しておりますので、既に行なった申告内容のままで問題ないという認識でよろしいでしょうか。
念の為確認させていただけますと幸いです。

明確な規定はございませんが、私の感覚だと売れないと判断して処分(廃棄)したという証拠があれば、経費にできると思います。
証拠とは、廃棄した時の写真や業者に引き取ってもらったときの領収書などです。
証拠がなくても、廃棄したことが明らかであれば経費になる余地はあると思います。

既に行った申告を修正することはできるかもしれませんが、ご判断にお任せいたします。
あくまで経費にできる余地があるというのは私の判断であり、担当された税理士さまが責任をとる形なので、私がそれ以上申し上げることができないことをお許しください。