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自宅の売却

会社員をしていて給与は年末調整を勤務先でしております。
昨年自宅を売却し、減価償却などを計算すると税務上の利益がでましたが、自宅売却の3000万円控除を使うと自宅売却の譲渡所得税も発生していません。

自分としては、給与所得は年末調整で所得税は清算済みだし、自宅売却も3000万円控除の適用で税金は発生しないから、結果として確定申告をしても納税は発生しないと思っていました。

ただ、e-taxで計算すると、自宅の売却情報を入力すると配偶者控除と基礎控除の額が減額となり、結果として納税が発生してしまいます。
この結果は、自分の入力が誤っているのでしょうか。もしくは自宅の売却で所得が増えたと認識され、結果として納税となることもあるのでしょうか。

長文となり恐縮ですが、先生のアドバイスをいただきたいです。
よろしくお願いいたします。

税理士の回答

基礎控除や配偶者控除の判定において使用する「合計所得金額」含める土地建物等の譲渡所得の金額(分離課税)は、特別控除適用前の金額を使用します。

自宅売却の3000万円控除も特別控除(居住用財産を譲渡した場合の特別控除)となりますから、それを控除する前の金額を使用しますので、基礎控除や配偶者控除が減額されているのは、誤りではないかと存じます。

ご回答ありがとうございます。
先生の言われる「自宅売却の3000万円控除も特別控除(居住用財産を譲渡した場合の特別控除)となりますから、それを控除する前の金額を使用する」としますと、自宅売却の譲渡所得は合計所得に含められて、基礎控除や配偶者控除が減額されることもあるということになるかと思うのですが、この理解は間違っていますでしょうか。

自宅売却の譲渡所得は(特別控除適用前の金額にて)合計所得に含められるという認識でお間違いありません。以下の(※2)に該当します。合計所得金額が大きくなる結果、基礎控除や配偶者控除が減額又は適用外となります。

(合計所得金額)
次の(1)と(2)の合計額に、退職所得金額(※1)、山林所得金額を加算した金額(※2)です。
(※1) 退職所得金額は、確定申告が不要な場合でも計算に当たって加算する必要があります。
(※2) 申告分離課税の所得がある場合には、それらの所得金額(長(短)期譲渡所得については特別控除前の金額)の合計額を加算した金額です。
(1) 事業所得、不動産所得、給与所得、総合課税の利子所得・配当所得・短期譲渡所得および雑所得の合計額(損益通算後の金額)
(2) 総合課税の長期譲渡所得と一時所得の合計額(損益通算後の金額)の2分の1の金額
ただし、次の繰越控除を受けている場合は、その適用前の金額をいいます。

純損失や雑損失の繰越控除
居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の繰越控除
特定居住用財産の譲渡損失の繰越控除
上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除
特定投資株式に係る譲渡損失の繰越控除
先物取引の差金等決済に係る損失の繰越控除

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/yogo/senmon.htm#word2

お忙しい時期にご丁寧な返信ありがとうございました。
内容分かりました。
感謝いたします!

ベストアンサーに選んでいただき、ありがとうございます。
私の回答が少しでも疑問の解消に役立ったのであれば幸いです。

本投稿は、2026年02月07日 00時12分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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