会社の売り上げ入金口座

誰の通帳に入金しても、きちんと確定申告をすれば問題はないと思いますが、脱税を疑われないためにもご本人の口座での取引がよろしいと思います。

貴方の口座に入金されたものでも彼氏の収入であることは否定できませんので、確定申告は彼氏の収入として申告する必要があります。
そして、貴方の口座に入金されたお金は彼氏のものですので、彼氏に返却する必要があります。返却しないままですと貴方に贈与税が課されますのでご留意ください。
税務署は支払いをした業者から支払い先の情報を入手しますので、税務署は取引の実態を把握することが可能です。
問題を大きくしないためにも彼氏の収入として正しく申告すべきと考えます。