寄付金控除についてワンストップ特例制度と確定申告の併用は可能でしょうか？

確定申告書をもう一度提出しなおしてください。たぶん更正の請求になります。
確定申告をした場合には、ワンストップは、適用されません。
適用されない場合は、ふるさと納税分を確定申告をすれば良いのでしょうか？

はい、そうです。
もう確定申告書を出している場合には、更正の請求書を出すようになります。
（理由を記載する欄がありますが・・・ふるさと納税寄付金もれと、記載してください）。
各地町村では、今年の住民税の計算は、もう、おわって、いると思いますが・・・後で、訂正されます。
早めに行ってください。
下記は、国税庁のパンフレットです。
参考にしてください。
「ふるさと納税ワンストップ特例」の申請書を提出された方へ

　ふるさと納税ワンストップ特例の適用に関する申請書を提出された方が確定申告を行う場合には、ワンストップ特例の適用を受けることができません。
　確定申告を行う際に、全てのふるさと納税の金額を寄附金控除額の計算に含める必要がありますのでご注意ください。

迅速なご回答ありがとうございました。
早速、更正の請求書を作成し提出したいと思います。

税務署も新型コロナの対応で、大変ですが・・・
頑張ってください。