確定申告

支払元の税務調査の可能性があります。

税務調査は、支払元の法人税の調査だとしても、個人の外注先がどこがあるかなんて、よく資料を作っていますよ。
よほど、無申告又は申告もれが多いのだろうと思います。

業務委託先の帳簿には、ご質問者の支払いが記載されるかと思いますので、その会社に税務調査等があった場合に申告をしていないことが発覚する可能性があります。

なお、申告していないことが判明した場合、延滞金等のペナルティが発生するため、申告することをお勧めいたします。

複数箇所で同じように、支払い調書、年末調整、給料手渡しの場合、１箇所に税務調査が入ると他のところの給料も発覚するのでしょうか？

また、フリーランスの場合、所得38万以下だと確定申告しなくてもいいとのことですが、その場合、売上と経費の証明などしなくてもよいのですか？

2ヵ所から報酬を受け取っている場合で、1ヵ所に税務調査が入る事により、もぅ1ヵ所の報酬が把握される可能性は低いです。

令和2年に基礎控除の改正があったため、所得が48万円以下の場合は原則確定申告不要です。
確定申告不要の方に調査が入る可能性は低いかと思いますが、売上及び経費の証明は必要になります。もし、証明できない場合は、税務署が精査した金額により申告することになります。