確定申告の還付金について

e-taxで銀行口座を記載した同じ記載内容の申告書を再提出してください。
3月15日の申告期限までは一番最後に提出した申告書が有効になります。

すでにクレジット払いで住民税を納税しているんですが大丈夫でしょうか？

住民税は前年の所得により6月に決定されます。
令和3年分の所得税確定申告で決定される住民税は今年の6月なのでまだ賦課決定されていません。