相続した株式の売却時の評価額

前提として、相続税と所得税は別の税金です。

そのため、相続によって取得した株式の取得費は、「相続時の評価額」ではなく、被相続人が実際に購入した金額（取得価額）を引き継ぐことになります。
あくまで、相続税の評価額と取得費の差額は、被相続人が本来負担すべきものであるとされています。

したがって、証券会社が「被相続人が実際に購入した金額」をもとに計算している場合、その処理は適切と考えられます。

相続により取得した株式を売却した場合、取得費は被相続人の購入価額を引き継ぐのが原則です（所得税法施行令第80条）。したがって、証券会社が表示している「生前の取得価格」は正しく、相続時の評価額を基準にするのは相続税評価の場面のみです。
ただし、証券会社が誤って「相続時点の評価額」を取得費として処理している場合や、売却損益が実態と乖離している場合には、確定申告で正しい取得費に修正することが可能です。相続人自身で譲渡所得を再計算し、被相続人の購入明細や取引報告書などの根拠資料を添付すれば、税務署もその内容で判断してくれます。