住宅購入の際の贈与について

①の返金については、妻の両親の手間やその事情説明が必要になるため、②の贈与契約書を作成し、振込先を夫名義に指定するのが良いと思います。

結論から申し上げますと、実務上の対応としては「② 贈与契約書を作成する」方法がよいかと存じます。
住宅購入の決済時において、複数の口座から支払う手間を省くため、メインのローン契約者様(夫)の口座に便宜上資金を集約することは一般的となります。最終的に「奥様(妻)の持分」として正しく登記されるのであれば、資金の流れをありのままに契約書で説明する方が自然かつ確実かと存じます。
＜①より②をお勧めする理由＞
・もし既に住宅の代金として支払いが完了している場合は、①の方法は税務署の視点からは却って「後付けの辻褄合わせ」や「不自然な資金操作」と見なされるリスクもございます。
・②の契約書で補足する利点としては、「お金の動き」と「法的な贈与の実態」のズレを明確に説明する正攻法となります。税務当局も不動産決済における実務慣行（口座の集約）は理解しているため、合理的な証拠があれば問題視されることは通常ございません。

＜②で進める際の具体的なポイント＞
1. 贈与契約書の記載内容の工夫
通常の贈与契約事項（誰から誰へ、いくら、いつ贈与したか）に加え、「なぜ夫の口座に振り込んだのか」という理由を特記します。
【条文の記載例】
「甲（妻の両親）は乙（妻）に対し、令和〇年〇月〇日、金〇〇万円を贈与するものとし、本贈与金が乙の住宅取得のための資金であることを確認したうえで、不動産決済の便宜上、乙の配偶者である〇〇〇〇（夫）名義の下記指定口座に振り込む方法により引き渡した。」

2. 不動産登記の「持分割合」の厳密な計算
「妻の両親からの援助額の分だけ持ち分を持ってもらう」と記載されている通り、この点が税務上も重要になります。
（夫の自己資金＋夫のローン額）と（妻の自己資金＋今回の贈与額）の実際の出資割合と、法務局で登記する所有権の持分割合を一致させてください。ここがズレると、多く登記された側へ「夫婦間の贈与」があったとみなされ、思わぬ贈与税が発生する可能性がございます。

3. 「贈与税の申告」は必須
妻の両親からの資金について「住宅取得等資金の贈与税の非課税特例」を適用する場合、たとえ計算上の納付税額がゼロ円であっても、贈与を受けた年の翌年2月1日～3月15日の間に、税務署へ贈与税の申告書を提出することが必須条件となります。申告漏れがあると特例が取り消されますので、この点のみご注意ください。

以上となります。
今回の一連のお取引のご参考になりましたら幸いです。

非常に丁寧にご回答いただきありがとうございます。
②の贈与契約書の作成を進めて行くことにします。
とても助かりました。

また、持ち分としての拠出金の調整および確定申告についても気をつけるようにいたします。

ありがとうございました。