不動産購入における住宅ローン返済中の贈与税について

【質問1】
友人の持ち分が100分の1ということは義親が39億6000万円出したということになり非現実的ではないでしょうか？

→　持分と住宅ローンが、連動していないとか、住宅ローンが連帯債務になっているなど考えられます。


【質問2】
具体的にどういうケースが考えられますか？税理士の先生から見てもかなりレアなケースなのでしょうか？

→【質問1】のとおり
レアケースだとは思います。
なお、連帯債務はよくあります。


【質問3】
抵当権と共同担保目録は抹消されていません。抵当権は住宅ローンを完済しても抹消しないケースがあると思いますが共同担保目録も抵当権と同じように住宅ローンを完済しても抹消しないケースがあるのでしょうか？


→　銀行によっては、こちらから働きかけないと抹消しないところもあります。費用も必要ですからね。

【質問4】
住宅ローンは完済している可能性が高いですか？

→　分かりません。
完済していないから、抵当権が抹消されていないのかもしれません。


【質問5】
このケースの場合、贈与税はいくら払うんでしょうか？

→　条件が分かりませんから、計算不能です。
4000万円の住宅ローンが、友人だけの単独で、1/100の持分だけなら親に贈与税がかかります。普通はそんなことはしないので、何か隠れている条件があるはずだと思います。
普通は、親との連帯債務で、負担は友人1/100だけで後は親、頭金なしなら、贈与税はかからない。

「3度に渡り友人夫婦の持ち分が100分の50ずつになるように贈与」のときに、負担割合を変えて、贈与税がかからないようにしているとか、相続時精算課税とか、色々考えられます。