相続不動産の名義変更　

お父様がお亡くなりになったということであれば相続ですから、法定相続人であるあなたが相続しても贈与になることはありません。
お考えのとおり、財産をより次の世代に移転させていくことは有効です。

ご質問ありがとうございます。
質問について回答させていただきます。

質問
相続財産が基礎控除を下回るので申告は必要がないのですが、自宅の名義を父から娘へ変更した場合、贈与を疑われることはありますか？


回答
既にお父様が亡くなられた場合は贈与の心配はございません。
なぜならば、お父様が亡くなられた場合の不動産の名義変更の書類として分割協議書や被相続人や相続人の戸籍関係の書類が必要になるからです。
また名義変更が完了した不動産の履歴事項全部証明書（いわゆる『不動産の謄本』と言われる書類です）には取得原因として『相続』と記載されるからです。
従って、贈与の問題は発生しないと考えました。

また、『母も存命ですが二次相続で数年のうちに登記を２度するよりは同居しているので私にと思っています。』とのことですが、ご質問者様のお考えでよろしいかと思います。
2度登記することは、2回登録免許税がかかるためです。また司法書士の先生へ依頼する場合の費用も2度発生します。
ご家族間で合意が得られてるのであれば、質問者様のお考えが一番コストが抑えられると考えます。

お二方とも早々にありがとうございました。
加藤先生の説明、詳しくてわかりやすくありがとうございます。

中田先生早い回答ありがとうございました