子会社の税務調査対応について

税務調査の立会いを法律的に考えると、 納税者に税理士が立会いをする（通常パターン）、税理士はのぞき 納税者のみの税務調査、税理士だけの税務調査（税務代理権限による）、 納税者に第三者が立会いをする
このどれかです。税務調査は単体の法人レベルでの調査に原則なります。ただし関係会社をまとめて調査する場合もあります。相談者様のケースでは、子会社単体調査なのだと思います。その場合でも納税者が委託した場合は立ち会いが可能ですが、第三者の位置づけで最後のパターンになります。
この場合第三者の方が、税務当局と解釈について議論を行った場合には、税理士法に抵触する可能性がありますので、注意してください。まずは納税者からの要望であることをしっかり伝えてください。

ありがとうございます。
子会社単体の調査になります。
実は以前勤めていた会社では、子会社単体の税務調査の立ち会いをしても調査官からは何も言われませんでした。
今回このようなことを言われたのは初めてなのですが、立ち会うには納税者である子会社は何か手続きをすればよいのでしょうか？

書面までは、通常求められないと思います。子会社の経理の方が、親会社の方を同席して頂くことを委託していることを説明し、相談者様が名刺交換をされれば事足りると思います。当事者からの委託による同席を税務署は理由もなく拒むことはできません。

ありがとうございました。大変参考になりました。