短期離職した前職分を年末調整に含めず、確定申告することは可能でしょうか。

①税務上可能ですが、原則としてB社分を年末調整に含めるべきと考えます。
②B社への在籍がC社に判明することはないと思います。

ご回答ありがとうございます。
②について、追加で一点確認させてください。

別の税理士の方の回答で、同様のケースについて
「一部の前職分を含めずに年末調整を行った場合、翌年に税務署から現勤務先へ訂正するよう連絡が入ることがある」
という趣旨の回答を見かけたため、少し気になっています。

今回のように、C社ではA社分のみを含めて年末調整を受け、B社分については翌年にA社・B社・C社すべての給与を含めて自分で確定申告し、年間の所得税を正しく精算した場合でも、税務署等からC社へ年末調整の訂正・確認の連絡が入る可能性は基本的にない、という理解でよろしいでしょうか。

もしご存じでしたら、税務署から現勤務先へ連絡が入るのはどのようなケースなのかも教えていただけますと幸いです。

よろしくお願いいたします。

ご質問の①については、最終的に翌年の確定申告でA社、B社、C社の給与をすべて申告し、年間の所得税を正しく精算するのであれば、申告そのものとして大きな問題になる可能性は高くないように思います。
もっとも、年末調整は本来、その年に他社から支払を受けた給与も含めて行うのが原則ですので、C社で年末調整を受ける際にB社分を含めない処理は、本来の年末調整の形としてはやや注意が必要かと思います。

ご質問の②については、翌年の確定申告でB社分も含めて適正に申告されていれば、それだけで直ちに大きな問題になるとは考えにくいですが、C社の年末調整にB社分が反映されていないことが、後日何らかの資料の突合で判明する可能性はあります。
ただし、確定申告で3社分を漏れなく申告しているのであれば、税務署から現勤務先に連絡が入ることは基本的にはないかと思います。

ご回答ありがとうございます。
とても参考になりました。追加で2点だけ確認させてください。

①「後日何らかの資料の突合で判明する可能性」とのことですが、具体的にはどのような資料・手続を想定されていますでしょうか。
例えば、B社やC社が提出する給与支払報告書・源泉徴収票、本人の確定申告書、住民税関係資料などの突合でしょうか。

また、そのような不一致が判明した場合、通常はまず本人に確認が入るのでしょうか。それとも、C社に対して年末調整の内容について確認・訂正の連絡が入る可能性があるのでしょうか。

②C社ではA社分のみを含めて年末調整を受け、その後本人が確定申告でA社・B社・C社すべての給与を漏れなく申告し、年間の所得税を正しく精算した場合、C社が行った年末調整について改めて訂正する必要が生じることはあるのでしょうか。
それとも、本人の確定申告で最終的な所得税が適正に精算されていれば、通常はそれで完結するのでしょうか。

よろしくお願いいたします。

① 税務署や市町村では、勤務先から提出される給与所得の源泉徴収票や給与支払報告書、ご本人が提出する確定申告書などの資料をもとに確認が行われますので、まず問題になりやすいのは申告漏れや税額の不足があるかどうかです。税務署側ではB社分を年末調整に含めていないことは把握されると思いますが、翌年の確定申告で3社分の給与を正しく申告していれば、その点は問題ないように思います。

② 年末調整の本来の取扱いとしては、年内に他社から支払を受けた給与も含めて処理するのが原則ですので、C社にB社分を伝えない方法が正式に推奨されるわけではありません。したがって、確定申告をしていれば勤務先に絶対連絡が来ないとまでは言い切れませんが、少なくともB社分を申告していないことによる所得税額の不一致がないのであれば、税務署の関心は主に申告内容の適否に向きやすく、職場に確認が行く可能性は極めて低いかと思います。

① 可能です。法律の建前では、C社の年末調整は、その年に扶養控除等申告書を出していた前の勤務先の給与も合わせて行うことになっていて、B社は乙欄でない(扶養控除等申告書を出した)ので本来は含める対象です。ただ含めずに年末調整した場合でも、翌年の確定申告でA社・B社・C社の給与を合算し、3社の源泉徴収税額を差し引いて申告すれば、その年の所得税はそこで正しく確定し精算されます。

② 税務署や市区町村が突き合わせるのは、各社が提出する源泉徴収票・給与支払報告書と、あなたが提出する確定申告書です。見ているのは税額が正しく納まっているかで、3社分を漏れなく申告して不足がなければ、本人にも会社にも確認を入れる理由がありません。確定申告で精算した後に、C社が年末調整をやり直す必要も生じません。連絡が入りうるのはB社分を申告に入れ忘れて税額が不足した場合なので、3社分を確実に合算して申告してください。