個人事業主です。プライベート用のクレジットカードで仕事用のものを買ってしまいました。

プライベート用のクレジットカードであれば、以下の様に事業用分だけを仕訳すればよいと思います。
カード使用日　(経費)xxxx (事業主借)xxxx

ありがとうございました。
Amazonで保有ポイントを利用してしまったのですが、
ポイント利用前の値段が3,000円、ポイント利用後の値段が2,900円として、
[(経費) 3000（事業主借）3000]として大丈夫でしょうか。
それともポイントは駄目で、[(経費) 2900（事業主借）2900]でしょうか。

ポイント利用の場合は、値引扱いになります。以下の様な処理になります。
(経費)2900 (事業主借)2900