売上の手数料について

結論として、hacomonoで入金時に差し引かれる手数料は「課税仕入れ」に該当するのが通常と考えます。

hacomonoは債権の回収（立替・買取）を行う信販会社ではなく、決済処理やシステム利用等の役務提供に対する対価として手数料を徴収しているためです。
加えて、hacomono公式の案内でも売上データ項目に「決済手数料（税抜）」および「決済手数料の消費税」の記載があり、課税前提での区分が示されています。

一方で、クレジットカード会社（信販会社）に対して支払う「加盟店手数料」に該当する部分が非課税になるのは、信販会社が加盟店の代わりに売上債権を立替・回収する取引に係る対価のためです。

いずれにしても、契約書・請求書（インボイス）・入金明細などで「非課税（加盟店手数料）」と「課税（決済代行・システム利用料等）」が区分されているかを確認し、区分記帳することをおすすめします。

参考：
hacomono公式（売上データの「手数料（税抜）」「手数料（消費税）」の項目追加）
https://note.com/hacomono/n/na06d895604ee

国税庁 質疑応答事例「クレジット手数料」
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shohi/06/02.htm