一般社団法人の経理方法について

【結論】
一般社団法人を設立しただけでは、直ちに税務上の「公益法人」になるわけではありません。まず、①公益認定を受けた公益社団法人、②法人税法上の非営利型法人、③それ以外の一般社団法人、のどれに該当するかを確認してください。③は普通法人として原則すべての所得が法人税の対象です。②は収益事業から生じた所得のみが課税対象ですが、公益認定を受けていないため、「公益的な事業だから非課税」とは限りません。

【収入の経理】
収入をすべて「請負業」で一括する方法はおすすめしません。「特定相談支援給付費」「障害児相談支援給付費」「障害福祉サービス報酬」「市町村等からの委託料」など、制度・契約・支払者ごとに収入科目または補助科目を分けてください。

法人税法上の収益事業の判定は、勘定科目名ではなく事業の実態で行います。国税庁は、障害者総合支援法に基づく障害福祉サービスについて、通常は「医療保健業」または「請負業」に該当するとしています。また、請負業には事務処理の委託を受ける業も含まれます。このため、非営利型法人であっても、指定相談支援や障害者支援に係る対価収入は、原則として収益事業に該当する前提で個別に確認するのが安全です。

【経費の経理】
各指定事業に直接対応する人件費、外注費、交通費、消耗品費等は、事業別の事業費として計上します。役員会、法人全体の会計、登記、総務など法人運営に直接対応するものは管理費とします。複数事業または収益事業・非収益事業に共通する費用は、従事時間、使用面積、職員数、収入金額など、その費用の性質に応じた合理的な基準で継続して配賦します。単に区分が難しいという理由だけで、共通費をすべて管理費にするのは避けるべきです。

【自宅の光熱費】
まず自宅の私用分と法人の事業使用分を分け、私用分は法人経費に含めません。法人使用分は、専用メーターがなければ、使用床面積×使用時間、設備の消費電力、稼働日数などの合理的な基準で按分します。そのうえで、必要に応じて各事業費と管理費に配賦してください。配賦基準と計算表を作成し、毎期継続して適用することが重要です。

【消費税の注意点】
法人税の「収益事業」と消費税の課税・非課税は別判定です。特定相談支援事業と障害児相談支援事業は第二種社会福祉事業に含まれるため、その事業として行う給付・役務は原則として消費税非課税です。一方、市町村が障害者総合支援法77条1項3号に基づいて行う「障害者相談支援事業」の委託料は、国税庁が消費税の課税対象と示しています。名称が似ていても取扱いが異なるため、収入科目と消費税区分を分けてください。その他の「障害者支援事業」についても、根拠法令と契約内容ごとの確認が必要です。

【実務上の手順】
(1) 定款と理事構成から非営利型法人の該当性を確認する、(2) 事業ごとに根拠法令・指定内容・契約書・支払通知を一覧化する、(3) 収入科目と消費税区分を事業別に設定する、(4) 人件費・家賃・光熱費等の配賦基準を文書化する、の順で整備してください。公益認定を受ける予定がある場合は、公益目的事業会計・収益事業等会計・法人会計の区分も別途検討が必要です。

早速お教えいただき、親切丁寧にご回答いただき誠にありがとうございます。
お忙しいところ大変恐縮なのですが、追加の質問について、ご教授ください。
非営利型の一般社団法人です。公益認定は受けません。
①理事の個人のお金で、一社の支払をした場合や、一社から理事へお金を移す場合は、どのようにすればよいでしょうか。
②理事へ報酬の支払をする予定ですが、支払はいつから開始してよいのでしょうか、報酬の金額は、どのように決めればよいのでしょうか、注意点などはあるのでしょうか。
よろしくお願いします。