日本企業からの収入があり海外でリモートワークをする場合の税金について

ご質問解答させていただきます。
ご質問者さまは、非居住者のままとなります。
日本企業が給与の支払い時に所得税の源泉所得税を支払います。
よって、基本的に、相談者さまが所得税と住民税の支払額が必要ありません。
よろしくお願いいたします。

ご質問者様の場合は、日本企業との雇用契約で役員ではなく、使用人として海外でリモートワークをする場合に該当するものと理解しましたので、その前提でご回答させて頂きます。

非居住者の定義
ご質問者様におかれましては、3年ほど前からマレーシアに移住し、住民票も抜いているため、日本の所得税法上、非居住者として扱われます。
非居住者とは、国内に住所を有せず、かつ過去1年以上国内に居所を有していない個人を指します。

所得税の取り扱い
非居住者の場合、原則として日本国内で得た所得（国内源泉所得）のみが課税対象となります。ただし、ご質問者様の状況では以下の点を踏まえると、課税対象外となる可能性が高いと思われます。
・海外からのリモートワーク：マレーシアから日本企業の業務を行う場合、その給与は国外源泉所得とみなされ、日本での課税対象外となります。
日本国内にPE（恒久的な施設）を有さずに労働する場合は課税はされないことが原則となります。
・源泉徴収：日本企業が海外在住の非居住者である使用人に給与を支払う場合、原則として日本での源泉徴収は不要です。
・確定申告：給与が国外源泉所得とみなされる場合、日本での確定申告は不要です。

住民税について
住民税は原則として、その年の1月1日時点での住所地で課税されます。海外に住民票を移しており、1月1日時点で日本に住所がない場合は、住民税の課税対象外となります。

わたしも八尾さんの意見に賛成です。

先生方、ご回答いただきありがとうございます。
最後に追加で2点質問させてください。
・最終的に日本で所得税が課税されないのかの確認は税務署などに事前に問い合わせて確認した方がベターでしょうか？
・米世先生のおっしゃるように「非居住者のまま、日本企業が給与の支払い時に所得税の源泉所得税を支払う」ということは、マレーシアから日本企業の業務を行う場合でも国外源泉所得と見なさず、所得税の支払いの必要が出てくるという判断になるということでしょうか？

ご回答いただけますと幸いです。

相談者さま、失礼いたしました。

相談者さまが非居住者で、かつ、勤務地が海外であれば（日本国内にPE（恒久的な施設）が無いケース）、所得税の支払は不要になると考えます。
訂正させていただきます。

また、念のため、税務署などに事前に問い合わせて確認されることがベター
であると考えます。

よろしくお願いいたします。

税務署にお問い合わせいただくとより安心ではあると思います。
前の回答に記載させていただきましたとおり、非居住者については所得税が発生しましせんので、源泉徴収もそもそもありません。

どうぞよろしくお願い申し上げます。