3年前の住民税について

副業が給与所得以外であれば、確定申告の時に副業の住民税の納付を自分で納付(普通徴収)を選択できます。選択しなければ、本業の方と合わせて特別徴収になります。お住まいの市区町村に住民税課に普通徴収にすることが可能かどうか、確認をされた方が良いと思います。

普通徴収にチェック忘れてしまったのです。
3年前の確定申告でも特別徴収で届くのでしょうか？
遅れてるので普通徴収でくると思っているのですが。

市区町村により取扱いが異なる場合があると思います。3年前の申告であれば、普通徴収になる可能性はあると思います。市区町村の方に確認をされた方が良いと思います。