所得税は非課税なのに住民税は課税？

ご質問ありがとうございます。
役所の方と同じ回答になるかもしれませんが、回答させていただきます。
確かに大幅な赤字でしたら住民税が非課税の可能性がございます。
しかし、自営業以外に所得がある場合は自営業が赤字でも住民税が発生する可能性がございます。
具体的なケースは多々あり説明しきれないので、割愛させて頂きます。
お手間でしょうが、所得税の申告書や住民税の書類を持参して役所に出向き、直接説明してもらうことが一番納得しやすいのではと考えております。
望んだ回答では無いかもしれませんが、書類を持参し役所に行き直接確認を取る方法も検討してみてはいかがでしょうか。

回答します。
住民税には、所得割と均等割の二つから税額が算出されます。赤字なら所得割は課税されませんが、均等割は本人、扶養家族の人数によって課税されます。生活保護家庭など課税されないと規定された方以外、最低でも均等割の納税は必要です。但し、金額は各自治体で少し異なります。