所得源泉説、純資産増加説、所得の定義として実務上採用されているのは？

学説と実務がきれいに一致することはないでしょうが、一般的には、純資産増加説が採用されている、といわれています。

どのような点が学説と実務では一致しないのでしょうか？

純資産増加説であれば、所得の源泉が何であれ、税率は変わらないはずですが、現行制度では、所得の源泉ごと（給与、退職金、年金、不動産、譲渡、配当など）に、計算方法が区分されていますので、その点に関しては、所得源泉説「的」な考え方も少し取り入れられているのではないかと思います。