海外拠点事業を日本在住で行う場合の税金について

こんにちは。
ご質問者様は、日本に在住したまま、海外で行われる事業に参加される、ということですね、
パートナーシップ（日本の法律では任意組合類似）の契約でしょうか？
共同事業ということであれば、何らかの契約関係で参加することになると思います。
そうしなければ、利益が出た時の分配なども、何のルールも保証もないことになりますので。
ご質問者様の日本での税務で言えば、日本の居住者ですので、どの地域の源泉から発生した所得であっても、日本の所得税の確定申告は必要になります。
現地で源泉徴収などで外国の税金が課された場合には、外国税額控除という制度で、二重課税がないように調整します。
参加の仕方、契約関係がどうなるのか、に応じて、ご自身の単なる事業所得なのか、利益の配当による配当所得なのか、幾つかの可能性があると思いますが、事業所得以外の場合、例えば配当所得等の場合には、必要経費を計上することができないなど、所得種類に応じて、課税所得計算の仕組みが違うので、よく調べて見極めて、有利不利をわかった上で行うほうがいいと思います。
取り急ぎ回答とさせていただきます。