個人所有の車を会社が使っている場合

会社で経費にできるのは、原則として車の賃借料です。
そのもらった賃貸料は個人の収入となり、その個人の必要経費に、「ガソリン代、車検代、租税公課、保険、減価償却費など」算入されます。

そのまま会社経費にするのは慎重を要します。
個人事業で所有し、減価償却資産として計上している車を法人が使用する場合、その車はあくまで「個人の資産」であり、法人の経費対象とはなりにくいのが原則です。法人でガソリン代や保険料、車検費用などを支出する場合、法人がその車を「借りている」という形を整える必要があります。具体的には、個人と法人の間で使用貸借または賃貸借契約を結び、合理的な使用料を設定するのが適切です。契約なしで法人経費として処理すると、税務上は「個人への役員貸付」や「家事関連費」と判断されるリスクがあります。整理してから経費計上を行うのが安全です。