従業員が自社の株を所有する場合のグループ法人税制

従業員が株式の一部を保有している場合にグループ法人税制の適用はあるか？ということでしょうか？

グループ法人税制の要件である完全支配関係は「一の者が法人の発行済株式等（自己株式等を除く）の全部を直接若しくは間接に保有する関係（当事者間の完全支配関係）又は一の者との間に当事者間の完全支配関係がある法人相互の関係をいう」とされています。（法人税法第2条12の7の6）
一の者が個人の場合には、その者の親族等（特殊関係にある個人）を含むものとされ、この特殊関係にある個人は
⓵株主等の親族（配偶者、六親等内の血族、三親等内の姻族）
⓶株主等と婚姻の届出をしていないが事実上婚姻関係と同様の事情にある者
⓷株主等の使用人（従業員ではありません）
⓸上記以外で株主等から受ける金銭その他の資産によって生計を維持している者等
とされています。
従いまして、グループ法人税制の適用はないものと考えられます。
ただし、従業員株主が単なる名義人であって、当該従業員株主以外の者が実際の権利者である場合には、その実際の権利者が保有するものとして判定します（法人税法基本通達1-3の2-1）が、証明責任は納税者にあります。
また、従業員持株会による保有の場合、その割合が自己株式を除く発行済株式数等の5％未満の場合で、その他の株式等を一の者が保有している場合は、当該一の者が全発行済株式等を保有するとみなす（法人税法施行令第4条の2第2項1）とされています。

どうもありがとうございました。