支店の譲渡について

ご記載の情報ではスキームの詳細がわかりませんが、ひとつ言えることは、法人間の100％完全支配関係がありませんので、支店の資産・負債を時価で譲渡したものとして、親会社は損金算入制限のある一般寄附金、子会社は受贈益課税になると考えられます。
一支店でそれだけの規模があれば顧問税理士が居られるでしょうから、具体的なスキームに基づいて課税上の問題を判断してもらってください。

顧問税理士は社長の古くからの知り合いの高齢の先生で事業譲渡等についてはよく分からなくて困ったと言ってました。。

支店の営業利益が出ていることからすると、事業価値の評価をして営業権（のれん）相当額は本来対価をもらうべきものだと思いますが、法人税法上の評価方法等（例えばDCF法など）はあるのでしょうか？

事業を譲渡するということは、その事業のための資産・負債の譲渡をするものと思いますが、事業譲渡の具体的な内容がわからないので先の回答をしました。
いずれにしましても、先の回答の通り法人間の完全支配関係がないので価格をどう設定しても、時価で譲渡したものとして取り扱われるということです。
時価で譲渡したものとされれば、譲渡側は当然に譲渡損益が生じます。
貴社の実情を知る顧問税理士がわからないことを、ネットの無料相談コーナーの文章だけで解決することは困難です。
課税上の問題を明確にしたいのであれば、費用を掛けても組織再編に詳しい税理士に直接ご相談ください。