消費税の請求の件にてご相談させて下さい。

こんにちは。
消費税分は非課税なのでと言われたようですが、そもそも商取引した内容が非課税ということではなく、相談者様が免税事業者であることを理由に消費税相当額を支払えないということで宜しいでしょうか？
これを前提としてお話しさせていただくと、まずは相談者様が取引先にお願いをするしか術はありません。
たぶん、取引先がここで急にそのような事を言い出した原因としまして、インボイス制度の導入が、その原因であると思われます。
しかしながら、このインボイス制度自体はまだ先の話であり、現在は調整段階にあります。従いまして、取引先が相談者様に消費税相当額を支払すれば、取引先はその額を取引先の消費税の計算上引いて税額控除の対象とすることが可能です。ということは、相談者様が消費税相当額の支払いを受けても取引業者様の損失にはなりません。
このことを、しっかりとお伝えください。

それでも理解されない場合は、
1.今回の消費税相当額は値引きを起こし、以後の取引から仕入単価を上げてもらうよう交渉する。
2.取引先の主張が違法であることを伝えても理解頂けない場合には、公正取引委員会の仲裁を依頼する。
国では、当然、今回のようなケースが今後も発生することを想定しております。そこで消費税の転嫁について法を正しく理解してもらうため、公正取引委員会にその役目を担ってもらうこととなっております。ですから、所轄する公正取引委員会に話を持っていくことは出来ます。
ただし、できれば当事者間だけで解決できればその方が良いですね。今後の取引の事もありますから。
インボイス制度を視野に相談者様が消費税の課税事業者になることも検討した方が良いかもしれませんが、それはまだ先の話です。
ご検討をお願いいたします。