会社員の副業が赤字の場合のふるさと納税

副業の赤字分を課税所得にぶつければ

という表現は不明ですが、年間の課税所得がなくなるということであれば、ふるさと納税は意味がないといえます。
そうではなく、課税所得があるのであれば、それに応じたふるさと納税は有効です。

「副業の赤字分を課税所得にぶつければ」→分かりづらく失礼しました。副業の赤字と課税所得を相殺する、という意味でした。
相殺して課税所得が０またはマイナスになった場合、ふるさと納税は意味がないという理解で合っておりますでしょうか？

お手数ですが、どうぞよろしくお願い致します

そうですね、課税所得がないのであれば、ふるさと納税は意味がないことになります。