営業のインセンティブからインボイスは引かれますか？

外交員報酬が歩合給のようなものなのか、また消費税が賦課されていたのかもわかりませんし、貴方の勤務先が行ったことの理由を第三者である税理士に分かるものではありません。
会社にお聞きいただくしかありません。

外交員報酬は固定＋歩合で、9月までの給与明細に「消費税」の項目はありませんでした。事務の方に聞いても社長に聞いてくれと言われ、社長はよくわからないと言っており、誰に聞いたらいいのかわからずこちらに相談させていただきました。インボイスは会社側がやることで、会社員である自分たちには関係ないと認識していたのですが、自分たちの給与から引かれること自体はおかしいことではないのでしょうか？

ご記載の内容だけ拝見すれば、外交員報酬といっても雇用契約に基づく給与、所謂歩合給であると推察されます。
給与は消費税不課税（対象外）であり、悪く言えばインボイス制度を悪用した給与の引き下げと思われますが、これは消費税法で解決できる話ではありません。
労働基準監督署にご相談いただいた方がよろしいかと思います。

わかりました、労働基準監督署に相談してみます。ご丁寧にありがとうございました。