買収価格について

企業価値算定の方法はざっくり下記のような方法がありまして、
①インカムアプローチ
DCF法や収益還元法　など
②マーケットアプローチ
類似会社比準方式　など　　
③コストアプローチ
簿価純資産法や時価純資産法　など

①や②の方法では、これらの方法で算定した「事業価値」に非事業用資産を加えて、有利子負債を控除した金額を「企業価値」として計算します。
貸借対照表の金額で価値を調整しますが、純資産自体は計算には無関係になります。
貴社の場合では、算定された事業価値＋非事業用資産-借入2.5億円＝2億円と計算されたのではないかと推測されます。

企業価値評価では、③のコストアプローチよりも①や②の方法の方が優先的に使用されるのが一般的です。

株価算定書などを拝見しておりませんので、あくまで推測です。
買取価格にご納得がいかないのであれば、納得いくまで説明を受けるか、実務で株価算定をされている会計事務所に一度ご相談されることをお勧めします。