5,000万円の特別控除の特例、年度をまたがった際最初の年しか受けられないのはなぜ？

租税理論的には、収用に関しては、代替資産取得特例を使用するのが原則であり、特別控除は、税制が特別に認めた措置ということになりますので、立法府の政策的裁量により制約をかけられます。
また、２回控除することを許容した場合でも、どちらかから控除するか選択することを許容した場合でも、一括で収用した場合よりも有利になってしまうため、土地買収が進みにくくなることが懸念される政策的な考慮が働いていると思われます。

追加工事について触れられていますが、それに関して一部例外があります。
その公共事業の施行地について計画の変更があった場合、その公共事業を施行する営業所、事務所その他の事業場が2以上あって、それらの事業場ごとに地域を区分して事業を施行する場合、その公共事業が、1期工事、2期工事等と地域を区分して計画されており、その計画に従ってそれぞれの地域ごとに時期をわけて事業を施行する場合などは、別個の公共事業と考えられるため、2年目の買収に関しても特例を受けられます。
事業計画が大きく変わり、大きな追加買収が発生した場合を救済しています。