繰越欠損金について

質問の意味がよく分かりませんが、粉飾決算ではなく、過少申告だったので修正申告したということでしょうか。

益金が出て過去法人税を払いましたが、本当は損金が出ていて、繰越欠損金が生じる決算でしたので、過去に遡って、修正申告をしました。

そのケースでしたら、修正申告ではなく、「更正の請求」といって、税務署に更正してくれるようお願いをする手続きになります。
税務署が更正の請求を認めれば、認められたことになります。