配偶者控除に関して

今年からは、合計所得金額が1,000万円を超える場合は、配偶者控除は受けられません。
株の売却益は、特定口座、普通口座両方とも該当します。

株の売却の場合、特定口座で源泉徴収あり、かつ、確定申告しない場合は合計所得金額に含まれないのでは…？

所得税の原則です。
「参考」
合計所得金額
次の1と2の合計額に、退職所得金額、山林所得金額を加算した金額です。
※申告分離課税の所得がある場合には、それらの所得金額（長（短）期譲渡所得については特別控除前の金額）の合計額を加算した金額です。

1事業所得、不動産所得、給与所得、総合課税の利子所得・配当所得・短期譲渡所得及び雑所得の合計額（損益通算後の金額）
2総合課税の長期譲渡所得と一時所得の合計額（損益通算後の金額）の2分の1の金額

上記ご回答には記載されていない、
特定口座座で源泉徴収あり、かつ、申告不要の場合は上記のご回答には該当していないと推測します。 よってその部分は合計所得金額に含まれない筈と考えます。
間違っていましたら明日回答致します。