103万円の壁について

非課税交通費を除く、総支給額です。

総支給額とは、課税対象額から控除額を引いた金額ですか？

総支給額とは、控除額を引く前の金額です。

研修中にもらった研修手当は総支給額に含まれますか？

採用内定者の今後の職務遂行のために必要な研修の場合には、給与として課税対象となると考えられます。
非課税交通費に該当する場合もあると考えます。
勤務先に確認されたら良いと考えます。