不妊治療の医療費控除について

地方公共団体が支給する少子化対策のための助成金等の所得税法上の取扱い（国税庁ホームページより引用）
【照会要旨】　A市では、少子化社会対策基本法を背景とした条例及び規則に基づき、A市に居住する住民に対して次の内容の助成金等を支給することとしていますが、所得税法上どのように取り扱われますか。
1　不妊治療費に係る助成金（以下「不妊治療費助成金」といいます。）
　不妊治療を行っている夫婦の経済的負担軽減を目的として、一の継続した不妊治療に係る費用として一定の医療機関に支払った自己負担額に対し、一定額を支給します。

【回答要旨】
　不妊治療費助成金及び医療費助成金のいずれも「損害保険契約に基づく保険金又は生命保険契約に基づく給付金で、身体の傷害に基因して支払を受けるもの」に類するものとして、非課税所得として取り扱われます。なお、医療費控除の適用に当たっては、その対象となる医療費の金額から支給を受ける不妊治療費助成金及び医療費助成金の額を控除することとなります。

医療費を補填する保険金等が未確定の場合（国税庁ホームページより引用）
【照会要旨】　12月に支払った入院費用を補填するための保険金の額が、翌年3月の確定申告の際に確定していない場合は、どのように医療費控除の計算を行えばいいでしょうか。
【回答要旨】　受け取る保険金等の額を見積もって、その見積額を支払った医療費から控除します。医療費を補填する保険金等の額が医療費を支払った年分の確定申告書を提出する時までに確定していない場合には、受け取る保険金等の額を見積もり、その見積額を支払った医療費から控除します。この場合、後日、その保険金等の確定額が、見積額と異なることとなったときは、遡ってその年分の医療費控除額を訂正します。
　不妊治療については詳しくありませんが、不妊治療の助成金は１スケジュール（「一の継続した不妊治療」）につき決まっていて、このスケジュールが終了しないともらえないかと思われます。つまり１回の治療スケジュールに対する治療費の支払の後に、当該助成金が遅れて受領されることになります。

「保険適用前の〜の治療分からも差し引いて計算する～この期間は全額自費にて支払っており保険金もここの部分は適用外」については、適用外については差し引く必要はないものと考えます。
「治療の為1周期で同じ事を繰り返したり、また違う治療をしたりする～手術の無い治療の時もあり～この場合手術の給付金は無い」に場合にも、治療費からは差し引く必要はないものと考えます。

　なお医療費控除の計算は年度につき１月１日～１２月３１日の間に発生した出費なので、申請の際に助成金や保険金など補てん金を受け取った額を記載して計算に含める必要があります。１ケ月後にもらう予定の場合は「見込み額」で計算に含んで申請することと国税庁は説明していますので、いくらか決まっている場合その額を「見込み額」として計算に含み、その額を記載すればいいことになります。ですが補てん金の見込み額が決まっていない場合には、医療控除の申請時に計算が合わなくなる可能性があります。計算が合わない場合は再申請することになりますので、無理して申請せず、助成金や出費の額がしっかり決まってから申請することをお勧めします。

　なお医療費控除については確定申告の時期でなくても申請できますし、同世帯の家族の医療費をまとめて申請できます。また同一世帯の中で一番収入（所得）がある人の名前で申請することもできます。