簡易課税制度に登録しない場合の経理方式について

消費税の簡易課税制度に登録せず設備投資や業績悪化などの様子を見て本則課税か2割特例かを確定申告時に選択する場合、両方に対応出来るよう経理は消費税抜きとすべきでしょうか？


いいえ、どちらでも良いです。込のほうが楽でしょう。

また消費税抜き経理にした場合10月からでなく年初からの仕訳も税込みから税抜きに修正する必要はあるのでしょうか？


そうなります。そうしないと固定資産の取得価格などがおかしくなります。
同じ期は、同じ処理をします。

消費税の簡易課税制度に登録せず設備投資や業績悪化などの様子を見て本則課税か2割特例かを確定申告時に選択する場合

上記は課税仕入れについて、100％正確でないといけません。勇気がいります。
頑張って挑戦ください。

お忙しいところ詳しく御回答いただき有難うございました。
本則の場合は消費税抜きで経理するものと思い込んでおりました。
お話を伺い今まで通り税込みでもいいかなとも思いました。
最後にアドバイスいただいた部分は簡易課税制度に登録するかどうかも含め再考してみたいと思います。