確定申告をするのに、特定口座源泉ありで株式譲渡益、医療費控除など、住民税の関係を教えてください。
お世話になります。H29年の給与所得については、住宅借入金の控除により源泉徴収税額は「0」で、まだ10万円ほど住宅借入金の控除額が残っています。ここ数年もそうだったのですが、住民税を節税するために医療費控除の申告も実施しています。ただ、今回は今までと違い、特定口座(源泉徴収あり)に持っていた上場株式をH29年中に譲渡し、70万円ほど利益があったので約10万円源泉徴収されて(住民税約3万円も)特定口座年間取引報告書が送られてきました。
この状況で質問の本題ですが、確定申告した場合、
①.医療費控除と住宅借入金の控除の残額で株式譲渡益で源泉徴収された約10万円は戻ってくるとの認識でよろしいのでしょうか?
②.この場合は今年6月からの住民税は所得額に譲渡益の約70万円が加算されて算出されるのでしょうか?
③.②の回答が「加算される」の場合、住民税算出の元となる所得額に株式の譲渡益が含まれない方法があれば教えてください。
これからe-taxで確定申告データを作成するのに、注意しないといけないと思いますので、よろしくお願いいたします。
税理士の回答

①ご質問の内容を前提とし、株式等の譲渡所得に係る源泉所得税の金額が10万円、住宅借入金特別控除に係る未控除税額が10万円ならば、10万円が還付される計算です。
②、③
平成29年度の税制改正で、申告不要を選択できる株式等の譲渡所得に関して、所得税と住民税で異なる申告をすることが可能な旨が明確化されました。つまり、所得税では申告を選択し、住民税では申告不要を選択することができます。そうすれば貴方の場合は住民税で課税される不利益を回避できます。手続的には確定申告に加えて、住民税の申告手続きが必要となります。
ただし、始まったばかりの取扱いですので、念のため、お住まいの自治体に相談し、間違いない旨を確認して下さい。
どうもありがとうございました。近日中に市役所へ問い合わせに行ってきます。
本投稿は、2018年02月12日 13時09分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。