主婦の株の利益

そのとおりです。

株の利益といっても、譲渡益と配当があります。
また、特定口座には、源泉有りとナシがあります。
申告不要が選べるのは、特定口座源泉有りと、一定の配当所得です。
上場株であれば、3/100以上の持分割合のある会社からの配当所得以外は、申告不要が選べます。

わかりやすく表現すれば、特定口座源泉有りの配当、株式の譲渡益、3/100未満の会社からの配当所得です。

次に申告基準の金額です。48万円というのは基礎控除から見た所得税が0円になる金額です。他に所得控除があれば、それを合計します。
そして、他に所得がない場合（パートなどの収入がない）場合はその金額以下なら確定申告が不要です。

もちろん、申告不要を選択した所得は含みません。

申告が義務なのは、特定口座源泉なし、と一般口座の株式譲渡益と、3/100以上の持分割合のある会社からの配当所得です。
これら申告義務のある所得の合計が、所得控除以下なら確定申告しなくても大丈夫です。