副業先からの支払調書が発行されない

副業先から言われたとおりをそのまま税務署に伝えれbよいかと思います。

あと、どうするかは税務署の判断になります。

このような場合、税務署には、以下のようにご説明いただくのがよいかと存じます。

「副業先に確認したところ、過去数年にわたり支払調書は作成されておらず、代わりに私が発行した請求書の控えおよび入金記録に基づき、収入金額を計上しております。支払者側で調書の発行が困難とのことでしたため、こちらで確認可能な資料を基に申告内容の整合を取っております。」

このうえで、請求書と通帳等の入金記録を添えて、必要に応じて提出できる旨も付け加えてください。誠実に説明し、事実関係を明確にすれば、問題は生じにくいはずです。

ご回答ありがとうございます！
どのように説明してよいのかわからなかったので、丁寧にお答え頂いたのでベストアンサーにさせていただきました。