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支払調書と実際の入金額との差額について

個人事業主7年目、今年初めて税理士さんに確定申告をスポットでお願いしました。

今までやよいの青色申告オンラインを利用し自分で確定申告をしていましたが、
売上に関して今までは支払調書を確認せず自分の提出した請求書と、銀行の入金記録で売上を記帳していました。

今年の税理士さんにも面談で今までそうしてきた旨は伝えていたのですが、実際処理の段階になって
「支払調書と金額を合わせた方が都合がいいですから、そのように処理してもいいですか?」
と言われ、デメリットを深く考えず了承してしまいました。

結果的に今年の売上が自分の把握しているものより申告書が50万円ほど少なくなっており、これを来年どのように処理すべきか、、もしくは修正申告が必要なのか悩んでいます。
差異があるのは7社ほどで、プラスの会社もあればマイナスの会社もあります。多くは年またぎの入金の関係かと思われますが、それをどのように確かめたらよいのか、、、
また申告書の所得の内訳を見たところ、支払調書をいただけていない会社は売り上げに入っていなさそうです。これは流石にまずいですよね?
今年の税理士さんにはいろいろと思うところがあり、今後お願いする予定はなくまた自分で確定申告をしていくつもりです。

申告書の控え、総勘定元帳・仕訳帳は手元にあります。
自分がすべき処置をご教示いただけますでしょうか。

税理士の回答

【正しい処理】
今までやよいの青色申告オンラインを利用し自分で確定申告をしていましたが、
売上に関して今までは支払調書を確認せず自分の提出した請求書と、銀行の入金記録で売上を記帳していました。

【支払調書】
支払った金額で作成することが多く、正確でない場合があります。
また、この支払調書は税務署に提出するための書類であって、お互いの金額の確認のために使用する必要はありません。

【訂正】
2つの処理方法があります。
best(修正申告)
・前年の申告書を訂正する(青色申告オンラインも訂正する。今までのやり方との差額を12月31日付で処理すると何をどう処理したか後からわかります。)
better(前期損益修正益・前期損益修正損)
・今までのやり方との差額について、1月1日付で差額を売り上げに計上する。

差額の金額が多額でなければ better でも良いと思います。

本投稿は、2026年04月28日 16時18分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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