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確定申告の際、申告年度を間違えました。

都内で会社員として働いしています。
昨年1月に会社の持株会が解散して、売却の費用が入金されたため今年の3月に確定申告を実施しました。
国税庁のホームページから「e-TAX」で登録したのですが、途中まで入力したところで、入力内容が正しいのか判断月中かったため、最終的に税務署に行って登録を済ませて、用紙を記入しました。その後、近くの金融機関で納税も済ませました。
5月になって「延滞税等のお知らせ」を受取りました。
ちゃんと期限内に納税手続きを済ませたはずでしたが、何故「延滞」なのか分からず税務署に連絡して聞いたところ、「令和6年分」として納税手続きをしてしまっており、その延滞金としての請求との事でした。
収入が令和7年だった事を伝えて修正したい旨を伝えると、既に令和7年分の確定申告は期限が切れているため延滞料が約5%(今回通知を受けた延滞金の倍程度)とそれ以外にも2.5%程度の費用が掛かると聞きました。
更に納税済みのお金は返却に3-4ヶ月程度、必要との事でした。
再度、納税の手続きをするには、改めて納税をしなければならないと思うのですが、現在、その様な金額は手元になく、納税した金額が戻ってきてからでないと改めて納税するのは難しい状況です。
今回のような場合、どの様な手順で手続きをすれば良いのでしょうか。
また、申告時の誤りが原因ですが、こちらとしては納期までに納税して、納税所職員に確認しながら手続きをしているため、延滞料等も最低限にしたいのですが、どの様に手続きをすれば良いのでしょうか

税理士の回答

納税者が同一である場合、ある税金の還付金をある税金の納付すべき税金に充当してもらうよう申し出ることができます。
手続きとしては、まず、令和6年分確定申告書を取下げてもらい(「取下書」ではなく「更正の請求」手続きとなる可能性もあります)、令和7年分確定申告書を期限後申告します。同時に「還付税額充当申出書」も併せて提出します。
なお、「還付額充当申出書」は任意の様式ですので(決まった様式はありません)、記載内容は令和6年分及び令和7年分の処理に合わせることとなりますので、申告書の処理と合わせて税務署にお聞きになった方がいいと思われます。

ちなみに、令和6年分確定申告書の取消手続きが終わってから令和7年分の納税額に充当しますので、先に令和7年分の納税を済ませるより延滞税は余分にかかります。
また、令和7年分の申告に対しては「無申告加算税」5%と延滞税(年利)2.4%が発生します。

返信ありがとうございます。
申請の件、ありがとうございます。
税務署に出向いて、取下の手続きと期限後申請をしようと思います。
また、費用については、やはり、その位の加税、延滞税が掛かるんですね。
それなら、今のまま、延滞税を支払ったほうが安く付くのではと考えてしまったのですが
それは許されないと言う事ですよね?

たとえ間違いであっても期限後申告には変わりはありませんので、致し方ないと思います。

本投稿は、2026年05月15日 15時11分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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