期限後申告だった年分を修正申告する場合、青色申告特別控除65万円は10万円に直すべきですか

　当初が期限後なのであれば、青色申告特別控除は10万円に直すべきです。
　自主的に直すのであれば、当初が期限後なので、改めて追加で納付すべき税額に、5％の加算税が賦課されます。

ご回答ありがとうございました。10万円に直したうえで、修正申告を出すことにします。加算税の割合もご教示いただき、助かりました。ありがとうございました。

参考になれば幸いです。よろしくお願いいたします。

令和３年分が期限後申告で、個別の期限延長も適用されていなければ、65万円控除を最高10万円へ見直す必要があると考えられます。e-Tax提出や税務署から連絡がないことだけでは、65万円の要件を満たすとはいえません。当初が期限後のため、修正分にも無申告加算税が生じる可能性があります。延滞税も含め、当初の受付記録・期限延長の有無・納付履歴を税務署または税理士に示し、令和３年分の取扱いを確認してください。

※本回答は一般的な情報提供を目的としたものです。詳細な判断は管轄の税務署への確認や、税理士への個別相談をお願いいたします。

お世話になります。

1については、はい、10万円に直して修正申告されるのがよいと考えます。2については、過少申告加算税ではなく無申告加算税の対象となり、税務署から調査の通知を受ける前の自主的な修正申告であれば、割合は原則5%となります。

1の理由です。青色申告特別控除の55万円・65万円は、確定申告書を法定申告期限内に提出することが要件です（租税特別措置法第25条の2第3項・第4項、国税庁タックスアンサーNo.2072）。期限後申告の年分は、e-Taxで提出していても10万円の控除しか受けられません。令和3年分は期限後申告ですので、修正申告では帳簿の見直しで増えた所得に加え、控除の差額55万円も所得に加えて計算することになります。なお、10万円の控除は青色申告者であれば期限後申告でも受けられます。

2の理由です。過少申告加算税（期限内に申告した後、税額が少なかった場合の加算税）は、期限内申告があることが前提です（国税通則法第65条）。期限後申告をした年分の修正申告で増えた税額には、無申告加算税がかかります（国税通則法第66条第1項）。調査があることを予知してされたものでなく、調査の事前通知を受ける前に提出する修正申告であれば、割合は5%に軽減されます（国税通則法第66条6項）。事前通知の後であれば10%（一定額を超える部分は15%）、調査を受けた後であればさらに高い割合となります。

このほか、次の点にご留意ください。
・加算税は、増えた税額の1万円未満を切り捨てた額に割合を掛けて計算し、計算結果が5,000円未満であれば課されません（国税通則法第119条4項）。
・令和4年6月の期限後申告そのものについても、本来は5%の無申告加算税の対象です。通知が届いていないのは、法定申告期限から１ヶ月以内に自主的に申告していること、税額が少額で課されなかったこと、期限後申告に係る所得税の全額を法定納期限までに納付していることなどが考えられます。
・増えた税額には、加算税とは別に延滞税（納付が遅れた日数に応じてかかる利息のようなもの）がかかります（国税通則法第60条）。
・所得税の修正に連動して、住民税や事業税（美容業は課税対象業種）も見直されます。

早めに修正申告と納付を済ませることで、延滞税の負担を抑えられます。