期日を過ぎた確定申告について

文章から判断すると、昨年の確定申告が無申告だったため、税務署は期限後申告を促す文書を送付し、回答がなかったため、本税及び加算税の決定をし、延滞税がかかる旨の通知をしたと思われます。税務署としては、あなたと連絡をとって、臨場による税務調査をしたかったのだと思われますが、連絡がとれなかったのでしょうか。（臨場しなかったとしても、決定されたということは調査扱いです。）
決定は税務署長による行政行為ですから、相談によりそれを取り消すことはできず、異議申立て等、正規な手続きをとるしかありません。ただし、無申告や文書に回答しなかったことに正当な理由がなければ、異議は認められないでしょう。（単に、留守であったというだけでは正当な理由にはならないと思われます。）

早々のご回答ありがとうございます。

私は8年ほどフリーランスをしており、1つの仕事を受けると、ある程度まとまった収入が入るのですが、安定性はないので、これまで確定申告をした経験はほとんどなく、市民税県民税の申告書で済ませておりました。

封書が届いたと思われる頃から、私用によりしばらく地方にいたため、その内容を知ったのはつい先日だったのです。

ご回答を読むに、今から確定申告を行うことはできず、このまま支払う他ない、ということでしょうか?

そうですね、通知書が決定通知書で間違いなければ、今から自主的に期限後申告書を提出することはできません。
これを前提に、ご自身が納得いくよう税務署に確認してみてはいかがでしょうか。