【確定申告書B】 第一表 還付される税金の受取場所の編集

還付金の口座は、どの口座を指定されても、特に、問題はありません。

例えば事業用口座(報酬が入金される口座)を指定してそこに還付金が入金されて、その還付金を引き出す場合、会計ソフトに何か入力する必要はありますか？

事業用口座の残高を合わせている場合には入力する必要はあると考えます。
下記の様な仕訳も一例です。
還付金振り込み時
(普通預金)/(事業主借)
引き出し時
(事業主貸)/(普通預金)

残高を含まない場合はどうなりますか？

仕訳は、特に、必要ないと考えます。